Cadre constitutionnel autorité politique sauf à celle de la Constitution. Elle se situe au sommet du pouvoir judiciaire, et tous les autres tribunaux lui sont inférieurs. Les tribunaux échappent à l'autorité du ministère de la Justice à la différence de ce qui se passait sous la Charte impériale. En conséquence, toutes les affaires concernant la justice sont en dehors des compétences du gouvernement. La Constitution ne comporte pas de disposition définissant expressément l'étendue de l'autorité judiciaire. La doctrine dominante ainsi que la jurisprudence la comprend comme des « cases and controversies » à l'américaine. La Constitution adopte un système de juridiction unique sans distinguer entre le judiciaire et l'administratif à la différence du système juridique continental européen. Aucun contentieux ne peut échapper à la Cour suprême (art. 76). D'ailleurs, l'article 98 de la Constitution dispose que : « la présente Constitution est la loi suprême du pays ; aucune loi (...) contraire aux dispositions y afférant, n'aura force de loi ou sera valide ». Cette idée a conduit les constituants à introduire le système du contrôle judiciaire de la constitutionnalité des lois pour la première fois au Japon. La Cour suprême est devenue le gardien de la loi fondamentale et le protecteur des droits fondamentaux de l'homme. Sous l'influence américaine, le Japon a un système décentralisé et non monopolisé dans lequel tous les juges ont le pouvoir de statuer sur la constitutionnalité d'une loi. En revanche, la Cour suprême n'a pas de compétence pour statuer sur la constitutionnalité des actes de l'État d'une manière « abstraite ». Les arrêts de la Cour suprême présentent l'opinion de la Cour à laquelle « les opinions dissidentes », « les opinions supplémentaires » et « les opinions » peuvent être ajoutées. Quand le juge pense qu'une loi invoquée dans un litige est inconstitutionnelle, il refuse d'appliquer cette loi, mais il ne peut pas l'abroger. La loi attaquée continue donc à s'appliquer jusqu'à ce qu'elle soit abrogée. Le fonctionnement réel du contrôle de la constitutionnalité des lois au Japon révèle une passivité évidente de la Cour suprême : elle est réticente à déclarer l'inconstitutionnalité d'un acte de l'État. La critique issue de la doctrine et de l'opinion publique porte principalement sur le fait qu'elle n'assume pas son rôle de 31